Böhran bölgənin 1975-ci ildə Şərqi Timoru ilhaq etmiş İndoneziyadan müstəqillik uğrunda mübarizəsindən qaynaqlanırdı.
İnsan hüquqlarının pozulması və zorakılıqla müşayiət olunan onilliklər ərzində İndoneziyanın işğalından sonra Şərqi Timorda müstəqillik çağırışları gücləndi. 1999-cu ildə Şərqi Timorlulara Birləşmiş Millətlər Təşkilatının sponsorluğu ilə keçirilən referendumda müstəqillik üçün səs vermək imkanı verildi. Bununla belə, İndoneziya ordusu və İndoneziya tərəfdarı milis qrupları müstəqilliyə dəstəyin qarşısını almağa yönəlmiş zorakılıq və hədə-qorxu kampaniyasına başladılar.
Nəticədə kütləvi zorakılıqlar, o cümlədən qırğınlar, yanğınlar və mülki əhalinin didərgin salınması baş verdi. Beynəlxalq ictimaiyyət asayişi bərpa etmək və müstəqilliyə keçidi asanlaşdırmaq üçün Şərqi Timor üçün Beynəlxalq Qüvvələr (INTERFET) kimi tanınan Avstraliyanın başçılıq etdiyi sülhməramlı qüvvələri yerləşdirməklə cavab verdi.
Şərqi Timor, nəhayət, 2002-ci ilin mayında BMT administrasiyasından sonra tam müstəqillik əldə etdi. Bununla belə, böhran millətin üzərində dərin izlər buraxdı, barışıq, inkişaf və dövlət quruculuğu baxımından əhəmiyyətli problemlər qaldı.
